Не менее интересен и второй по значению заповедник «Юганский», который расположен в Сургутском районе. Создан в 1982 году. Его площадь в настоящее время составляет около 600 тыс. га, 99 тыс. из них – охраняемые. Заповедник “Юганский” расположен в междуречье Малого и Большого Югана. Его особенность состоит в том, что это одно из немногих в наше время охраняемых мест, практически полностью лишенных влияния человека.

Заповедник включает равнинные ландшафты тайги Западной Сибири. В нём ведутся наблюдения за северными лосями и оленями. Проводится кольцевание более 100 видов птиц, продолжается работа по выявлению редких растений и животных для занесения их в Красную книгу России. Самыми яркими представителями флоры в заповеднике являются: сибирская пихта и кедр, различные виды берёз, брусника, кислица, черника, вороний глаз, свидина сибирская, жимолость, черёмуха и многие другие.

Большая часть заповедной территории занята болотами и лугами с характерными для них представителями растительного мира. Здесь можно встретить таких представителей животного мира, как различные виды полёвок и бурозубок, пёстрого дрозда, соловья-красношейку, азиатского бурундука, рысь, барсука, росомаху, лося, северного оленя и др.