Основание Сургутского краеведческого музея связано с именем Флегонта Яковлевича Показаньева – ветерана Великой Отечественной войны и труда, Почетного гражданина города Сургута, заслуженного работника культуры России, краеведа и просветителя, общественного деятеля.
К 1963 году им были собраны сотни экспонатов по истории города и края. Именно они легли в основу первой экспозиции музея, открытие которой состоялось 30 ноября 1963 года. Музей располагался в деревянном доме постройки конца XIX века, который принадлежал сургутскому торговцу и меценату Галактиону Степановичу Клепикову (ул. Просвещения, д. 7).
Долгое время Флегонт Яковлевич работал и заведующим, и хранителем фондов, и экскурсоводом в одном лице.
3 января 1985 года в соответствии с Приказом Управления культуры Тюменского облисполкома музей становится филиалом областного краеведческого музея. Со временем формируется штат музея и пополняются фонды.
В начале 1990-х годов музей организовал первую этнографическую экспедицию – научные сотрудники и фотограф выехали на стойбища ханты. Около тридцати лет продолжается эта работа. C 1992 года начинается изучение территорий Сургутского района по археолого-этнографическому направлению. В результате этой работы значительно увеличились коллекции этнографии и археологии. Параллельно начато формирование коллекций старопечатной и рукописной книги, православной иконы, Тобольской резной кости. Сотрудники музея приступили к детальному исследованию материалов периода Великой Отечественной войны и второй половины XX века.
В 1999 году музей переехал в здание современного Музейного центра по улице 30 лет Победы, д.21/2, в котором занимает первые два этажа. В это время Купеческая усадьба закрывается на реконструкцию.
С 2002 года музей одним из первых в Ханты-Мансийском автономном округе начал оснащать хранилища специализированным оборудованием для хранения предметов из кости, органики, фарфора, произведений изобразительного искусства, документов и фото негативов.
В 2005 году на первом этаже Музейного центра состоялось открытие Культурно-коммуникационного центра, выполненного в стиле hi-tech. Существующий и развивающийся виртуальный музей хранит уникальное собрание мультимедийных проектов. Второй этаж Музейного центра предназначен для демонстрации сменных выставок как из собственных фондов музея, так и из фондов других музеев.
11 июня 2005 года состоялось открытие первого структурного подразделения Сургутского краеведческого музея – «Купеческая усадьба» «Дом купца Г.C. Клепикова». Это единственный в Сургуте памятник истории и культуры конца XIX в. Сотрудниками музея на данной площадке реализуется множество проектов и культурных предложений.
22 июня 2007 года в структуру краеведческого музея вошло ещё одно подразделение – Центр патриотического наследия. Проекты и музейные мероприятия, имеющие своей целью патриотическое воспитание подрастающего поколения, реализуются на данной площадке. Два выставочных зала данного центра открыты для детей и подростков, ветеранов Великой Отечественной войны и участников горячих точек, допризывной молодёжи, бойцов поисковых отрядов. Здесь же реализуется проект «Солдат Отечества», стартовавший в преддверии 65-летия Победы в Великой Отечественной войне. Проводятся традиционные встречи ветеранов и молодёжи.
13 сентября 2007 года краеведческий музей открыл ещё один исторический памятник – мемориальный комплекс геологов-первопроходцев «Дом Ф.К. Салманова» – это ещё одно структурное подразделение музея. Дом одного из первооткрывателей Сибирской нефти Фармана Курбановича Салманова является живым свидетельством эпохи 60-х годов ХХ века. Здесь остановлен ход времени. Здесь на вселенском календаре царит эпоха шестидесятых, эпоха дерзких, самоотверженных романтиков. 11 июня 2009 года на территории комплекса состоялось открытие бюста Ф. Салманова. Сегодня сюда приходят ветераны геологии, студенты и школьники, чтобы окунуться в легендарную атмосферу, в эпоху поиска большой нефти. Музей растёт и развивается вместе с городом. Всё это находит отражение в музейных экспозициях. Сургутский краеведческий музей называют визитной карточкой города.
30 ноября – День рождения музея!