Маршруты археологических разведок планируются в соответствии с планом работы музея и с учетом информации, поступающей от местных жителей о возможном расположении археологических объектов в труднодоступных местах. За время работы археолого-этнографических экспедиций археологами музея М.Ю. Селяниной и А.Б. Агарковой было выявлено около 100 памятников археологии в бассейнах рек: Обь, Пим, Большой и Малый Юган, Моховая и пр. Параллельно с выявлением ранее неизвестных памятников проводится проверка информации о деятельности «черных» археологов на территории района.

Сотрудниками музея ведутся обследования отдельных участков на территории города Сургут (например, территории парков «За Саймой» и «Кедровый лог») для мониторинга технического состояния выявленных здесь ранее объектов археологического наследия.

Помимо собственных разведок музей неоднократно инициировал охранные мероприятия и аварийно-спасательные раскопки на разрушающихся объектах (поселение Быстрый Кульёган 66). В 1993 -1994 годах проводились раскопки памятников в городской черте Сургута : городище Сургутское I и поселение Чернореченское I. В 2008 году начались работы на территории исторического центра г. Сургута и продолжились в 2012 году. Все полевые и другие музейные археологические исследования были бы невозможны без тесных профессиональных контактов с археологами, работающими на территории Среднего Приобья.