1. Директор (Селянина Марина Юрьевна) — возглавляет музей, координирует работу всех подразделений.

Непосредственно подчиняются директору:

• Заместитель директора по общим вопросам  – 1 ед.
• Заместитель директора по научной работе  – 1 ед.
• Главный хранитель музейных предметов   – 1 ед.

2. Заместителю директора по общим вопросам подчиняются:

• Хозяйственно-эксплуатационный отдел:
  • Зав едующий отделом – 1 ед.
  • Заместитель заведующего отделом – 1 ед.
  • Глав ный инженер – 1 ед.
  • Монтажник экспозиции и художественно-оформительских работ – 1 ед.
  • Рабочий по комплексному обслуживанию и ремонту зданий – 2 ед.
  • Кассир – 3 ед.
  • Гардеробщик – 1 ед.
• Отдел документационного обеспечения:
  • Зав едующий отделом – 1 ед.
  • Заместитель заведующего отделом – 1 ед.
  • Ведущий документовед – 1 ед.
  • Ведущий специалист по охране труда – 1 ед.
  • Специалист по закупкам – 1 ед.

3. Заместителю директора по научной работе подчиняются:

• Отдел «Студия фотодизайна»
  • Заведующий отделом – 1 ед.
  • Главный художник – 1 ед.
  • Ведущий дизайнер – 2 ед.
• Экскурсионно-методический отдел
  • Заведующий отделом – 1 ед.
  • Заместитель зав едующего отделом – 1 ед.
  • Ведущий методист музея – 1 ед.
  • Научный сотрудник музея – 1 ед.
  • Младший научный сотрудник музея – 1 ед.
  • Экскурсовод в торой категории – 2 ед.
  • Экскурсовод – 3 ед.
• Структурное подразделение «Купеческая усадьба. Дом купца Г.С.Клепикова»
  • Заведующий структурным подразделением – 1 ед.
  • Научный сотрудник музея – 1 ед.
  • Экскурсовод – 2 ед.
  • Смотритель музейный – 3 ед.
  • Монтажник экспозиции и художественно-оформительских работ – 1 ед.
• Отдел «Научная библиотека»
  • Заведующий отделом – 1 ед.
  • Библиотекарь второй категории – 1 ед.
• Отдел археологии, этнографии и природоведческих исследований
  • Заведующий отделом – 1 ед.
  • Старший научный сотрудник музея – 3 ед.
  • Научный сотрудник музея – 1 ед.
• Отдел «Культурно-коммуникационный центр»
  • Зав едующий отделом – 1 ед.
  • Старший научный сотрудник музея – 1 ед.
  • Научный сотрудник музея – 2 ед.
  • Ведущий инженер-электроник – 1 ед.
  • Старший инженер-программист – 2 ед.
• Информационно-аналитический отдел
  • Заведующий отделом — 1 ед.
  • Заместитель заведующего отделом — 1 ед.
  • Ведущий специалист по связям с общественностью — 1 ед.
  • Ведущий менеджер по персоналу — 1 ед.
• Структурное подразделение Мемориальный комплекс геологов-первопроходцев «Дом Ф.К. Салманова»
  • Заведующий структурным подразделением – 1 ед.
  • Научный сотрудник музея – 1 ед.
  • Смотритель музейный – 1 ед.
• Структурное подразделение Центр патриотического наследия
  • Заведующий структурным подразделением — 1 ед.
  • Старший научный сотрудник музея — 1 ед.
  • Экскурсовод первой категории — 1 ед.
  • Смотритель музейный — 1 ед.

4. Главному хранителю музейных предметов подчиняются:

• Отдел учёта и хранения музейных предметов:
  • заведующий отделом   – 1 ед.
  • заместитель заведующего отделом  – 1 ед.
  • старшие научные сотрудники  – 3 ед.
  • научные сотрудники музея   – 3 ед.
  • младшие научные сотрудники  – 2 ед.
  • смотрители музейные – 5 ед.